此事刺激了幕府，更激化了双方的对立。会津藩、桑名藩的藩兵以谒见天皇为名从大坂向京都进军，同时，以萨摩和长州两藩军队为主力的政府军亦重兵集结，1月27日双方在京都南郊的鸟羽、伏见爆发武装冲突，即鸟羽伏见之战。萨长军获得压倒性军事胜利，倒幕派掌握了新政府的实权，并宣布德川庆喜为朝敌。
2月1日，德川庆喜放弃大阪城，由海路逃回江户，失去指挥官的幕府军随即溃散，鸟羽伏见之战结束。随后朝廷发布讨伐德川庆喜的命令。2月3日，剥夺了庆喜的官职；9日，由西乡隆盛担任总参谋的东征军以萨摩、长州等藩兵为主力，相继从京都出发。
3月12到13日，东征军诸路接近江户，决定3月15日发起总攻。幕府主战派要求决一死战，但幕府重臣胜海舟看到了民心向背的严重形势，与萨长军统帅西乡隆盛谈判成功，劝说德川庆喜投降。4月11日，新政府军和平接收江户，软禁德川庆喜，但德川家得以延续。
双方的任何一方都发现把这个协定加诸于追随者的头上并非易事。在京都，岩仓具视他们不得不竭力克服尊皇主义者的反对，要求更加严厉的惩罚，致使协议条件的公布不得不推迟了好几周。
在江户，西乡不得不使用武力镇压三千名德川陪臣抗议对他们领主的处理方式。幕府海军的一部，在榎本武扬指挥下，拒绝投降，逃到北方。
更严重的是，在幕府倒台之后，东北诸藩一开始还是遵从着新政府派遣到仙台的奥羽镇抚总督的指挥。不过，由于奥羽诸藩想向新政府请愿，要求赦免会津藩和庄内藩“朝敌”的身份；因此，为了达成那个目的，东北各藩形成了同志性的联合。但是赦免请愿被拒绝后，列藩同盟就变成了与新政府军对抗的军事同盟。
他们强调萨摩和长州是“邪恶的顾问”，天皇是被蒙骗了，并准备保卫他们的权利。主张将“幼君”君侧的萨贼铲除。
西班牙，法国，日本三国同时发生剧变，这1868年真是一个改变局势的年份。
纳赛尔丁不得不在法国地图旁边附上一份日本地图，幕府军败的也太快了。伊朗还没准备好政策的倒幕的就占领了大部分地区。
“这里，琉球的驻军要增加到8000人，另外还需要增加舰船守护。防止日本军队南下。”
国务秘书格尔沃克记下了沙阿的命令
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