加百姓负担的前提下，孙传庭经过反复思索，意识到唯有向陕西卫所的屯田征收税赋，才能解决军费问题。可明朝承平日久，卫所制度早已名存实亡，原本用于屯田的土地，大多被当地的权贵、士绅侵占，卫所士兵因失去土地，大多逃亡；而那些抢占土地的权贵，却凭借势力拒不缴纳税赋，导致卫所屯田形同虚设。
面对如此困境，孙传庭并未退缩。他上任之初，便发布了《清屯示》，明确要求各地清退被侵占的屯田土地，“务照国初原额军地及额征粮草，地不容失一亩，粮不容遗一粒”。随后，他开始分步推进屯田清理工作，制定了一系列严格的措施：
首先，孙传庭为多占屯田的权贵画下了红线，勒令他们限期交出多占的土地，若有违抗、百般阻挠者，一律枭首示众，以儆效尤。这一铁腕政策，震慑了不少心存侥幸的权贵，让他们不敢再公然对抗。
其次，为了确保清理工作的公平公正，孙传庭命属官调取明朝初年的卫所档案，亲自核对各地士兵及土地的原始数量，要求各地“溯流穷源，从头搜查”，绝不允许有任何遗漏或隐瞒。
最后，孙传庭明确要求，查清目前所有屯田土地的具体位置、耕种者身份。无论是军人、佃户，还是权贵、官吏，一律建册立档，按照规定缴纳粮赋。为了合理征收，他还制定了明确的标准：所有建册的屯田，依据土地的肥沃程度，分为上、中、下三等起课，上地每顷起课18石，中地每顷起课15石，下地每顷起课12石；若无力缴纳粮食，也可按每石7钱银子的标准抵交。
为了防止征收的钱粮被挪用、贪污，孙传庭还特意下令，将所有收纳的钱粮全部运送到永丰仓统一管理，这些钱粮除了用于军饷外，仅能用于各地军队修筑城墙、工事等军事用途，任何个人或部门不得擅自挪用。
经过孙传庭的铁腕清理整顿，以及对违抗者的武力镇压，陕西的局面很快得到了改观。短短一个月内，“所清厘而归之天子者，计兵得九千余，饷银一十四万”，陕西也因此成为当时北方最不缺军饷的军镇，为后续镇压流寇奠定了坚实的基础。
可孙传庭为挽救大明所做的努力，却触动了士绅、豪强、勋贵的核心利益，遭到了他们与文官集团的联合抨击。甚至连当时的兵部尚书杨嗣昌，也对他处处冷落、排挤，最终导致孙传庭在大明最
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