基于此，他大胆地提出了第一个核心建议——革新海道衙门。
“‘海道’此名，臣每闻之，常与‘海盗’相混淆，实非吉兆，亦有失我天朝上国之威严。且其职能混杂，海防、漕运、贸易监管纠缠不清，权责不明，易生弊端。臣愚见，当仿效陆路关卡之‘海关’新制，于沿海各重要港口，设立专职机构，名之为‘海关’。专司稽查进出货物、征收关税、管理洋商船只及外邦人员登记造册等一应涉外商贸事宜，使之权责清晰，规制严明，既可充盈国库，亦可防患于未然。”
写至此处，林淡稍作停顿，蘸了蘸墨，思绪又转向了更深层的安全忧虑。
他笔锋沉凝地写道：“陛下，臣既有借商队之名，行探查外邦虚实之想，则难保他国奸细，不会假借行商、传教乃至游历之名，潜入我朝境内，窥探我山川地理、军备虚实、物产人情！此等隐患，如同暗疮毒痈，若不及时剜除，必成大患！监察外邦人动向、甄别其意图之事，已刻不容缓！”
“臣观执金卫，于侦缉、刑讯、反谍一事上，确有独到经验与手段。然其职责重在京畿，人手亦有限，难以覆盖四海。臣恳请陛下，速下决心，由执金卫指挥使刘大人牵头，选拔机敏忠诚之干才，设立密训之所，尽快培养一批精通此道之新人，以各种身份为掩护，散布于各重要港口、边境城镇乃至内地通衢大都，专司监察外邦可疑行迹，编织一张覆盖全部疆域的暗察之网。并应于暗中设立专理此类事务之秘密衙门，统筹指挥，互通消息。”
接着，他又结合此次调动军队的经历，指出了另一个制度漏洞。
“此次缉拿案犯，幸得刘总兵深明大义，鼎力相助，方能功成。然臣思之，若非常之时，无陛下龙佩为凭，即便地方知府察觉奸宄，亦难以调动驻军。仅凭府衙三班衙役，面对成建制、有武装之歹徒或突发大变，无异于以卵击石。此乃一大隐患！”
“故臣再冒死进言，当从京城向地方州县，逐级设立一专司缉捕、治安、应对突发事端之机构，或可名为‘巡缉司’。此司官员可由兵部、刑部及地方共同选派，直属中枢统领，兼受地方节制，配备精良器械，专责重大案件侦办、要犯缉捕、弹压地方骚乱，必要时亦可协调甚至临时指挥当地驻军小股部队，以补地方治安力量之不足，成雷霆万钧之势！”
他脑海中对标着现代的“海关”、
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