叔的辅佐下稳步发展之际，秦穆公再次将目光投向了东部的晋国。此时的晋国，虽国力强盛，内部却已埋下危机的种子。晋献公晚年沉迷于妃子骊姬的美色，对骊姬言听计从。骊姬为了让自己的儿子奚齐继承君位，精心策划了一场阴谋，开始陷害太子申生以及晋献公的另外两个儿子——公子夷吾和公子重耳。
骊姬先是在晋献公面前诬陷太子申生，说他在祭祀的酒肉中下毒，意图谋害晋献公。昏庸的晋献公不听太子申生的辩解，当即下令捉拿太子申生。太子申生深知自己无法洗脱冤屈，又不愿背负“弑父”的罪名，最终在新城（今山西闻喜）含冤自尽。太子申生的死，让晋国上下一片哗然，许多大臣都为太子感到不平，但迫于晋献公与骊姬的威势，只能敢怒不敢言。
然而，骊姬并未就此罢手。她深知，公子夷吾和公子重耳素有贤名，且在国内拥有一定的支持者，若不将他们铲除，将来必定会成为自己儿子奚齐继位的障碍。于是，她又向晋献公进谗言，说公子夷吾和公子重耳与太子申生同谋，意图谋反。晋献公再次听信谗言，下令捉拿公子夷吾和公子重耳。
公子夷吾和公子重耳得知消息后，惊恐万分。他们深知，骊姬心狠手辣，晋献公又已昏庸无道，若留在晋国，必定会重蹈太子申生的覆辙。无奈之下，公子夷吾逃往梁国（今陕西韩城），公子重耳则逃往翟国（今山西吉县），开始了漫长的流亡生涯。晋国的宫廷内乱，不仅让晋国的国力受到影响，也为日后秦穆公介入晋国事务、扶持公子重耳归国继位埋下了伏笔。
而此时的秦穆公，在得知晋国的内乱后，并未急于采取行动。他深知，晋国作为中原强国，内部局势复杂，若贸然介入，可能会引火烧身。于是，他选择静观其变，一方面继续在百里奚、蹇叔的辅佐下发展秦国国力，另一方面密切关注晋国的局势变化，等待最佳的介入时机。也就是在这个过程中，秦穆公逐渐形成了自己的战略构想——通过扶持晋国的贤明公子，来影响晋国的政治走向，最终实现秦国向东发展、称霸诸侯的目标。