自太清圣人与太阴星君结为道侣，已过去千年。
这千年间，洪荒局势愈发紧张。巫妖二族冲突愈演愈烈，已从局部摩擦升级为大规模战争，动辄山河破碎，星辰陨落，天地间煞气、怨气、劫气弥漫，量劫的气息已浓郁到连凡俗生灵都能隐隐感应到不安。天地间杀机四伏，各方势力都在为即将到来的天地大劫做最后的准备与积蓄。
与此同时，自道祖鸿钧紫霄宫一讲之后，三千听道客各自潜修，消化所得。诸多大能修为大进，尤其是得到圣位机缘的几位，更是纷纷寻求突破，以期在即将到来的大劫中占据先机，争夺那一线超脱之机。
昆仑山，自太清圣人成圣、结侣之后，气运愈发昌隆，道韵冲霄，已成为洪荒无可争议的玄门祖庭、清修圣地。然而，这千年间，昆仑山内部，却也悄然发生着变化。
玉虚宫仍是太清圣人的道场，但其主人如今多在太阴星广寒宫与昆仑山之间往来，道侣双修，阴阳和合，圣道愈发圆融。玄都作为人教首徒，得圣人悉心教导，道行精进神速，已臻大罗金仙巅峰，开始协助师尊整理、完善《道德经》与《人族启蒙纲要》，并尝试炼制一些基础丹药，为人教未来正式传道做准备。
而昆仑山另外两处灵气最为充沛的支脉——玉京山与金鳌岛，则分别被元始与通天占据，开辟为自家道场。千年潜修，在付一笑成圣与结侣的双重刺激下，元始与通天亦终于明悟了自身大道方向，触摸到了成圣的契机。
这一日，昆仑山主峰之上，清气冲霄，三清道韵前所未有的清晰、强烈，隐隐共鸣。
玉京山上，元始天尊（已可称天尊）自深层次闭关中醒来，头顶庆云浮现，三花聚顶，五气朝元，周身玉清仙光浩瀚纯正，威严堂皇。他手持盘古幡，目光扫过昆仑山脉，扫过那因巫妖大战而满目疮痍、生灵涂炭的洪荒大地，又望向那混沌之中、代表天道运转的紫霄宫方向，心中明悟如潮水涌来。
“吾乃玉清元始，盘古元神所化，玄门正统，玉清之主。观洪荒生灵，跟脚混杂，良莠不齐，争斗不休，大道蒙尘。今感天道昭示，当立一教，阐明玉清正道，阐述天地至理，教化有缘生灵，去芜存菁，维护天道纲常，使万物各归其位，各安其道。”
元始的声音，清冷、威严，带着一种不容置疑的、阐述“秩序”与“正统”的意味，响彻在昆仑山，
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