建军方高层也全部在马公港登陆上岸，与海汉指挥人员磋商接下来的行动安排。
“明天我们会派出两支舰队继续往北进行追击，杜绝十八芝回头的可能。”颜楚杰言简意赅地说道：“另外希望明军能够配合我们对岛上展开地毯式的搜索，把可能隐匿在岛上的海盗残余分子清理干净。”
“颜将军放心，虽然水师在海战中出不了多大的力，但在岛上搜捕海盗一事，本官定会亲自督办，务求将残敌一网打尽！”许心素立刻拍着胸脯表了态。
尽管双方这次是用混编的方式组织了联合舰队，但真正开打的时候，也只有几艘从海汉购买的新式战船在一线参与了战斗，而明军水师的其他船只都只是在外围控场捡漏。许心素出钱出力，也是抱着锻炼自己亲军的念头，不过十八芝主力都已经逃了，接下来显然没什么大仗可以练兵了，也只能把这搜岛的差事当作主要任务了。
当天晚上，又陆续有人赶到马公港的联军驻地投诚，其中还夹杂着好几个福建官府安插在澎湖这边的探子。根据这些人所提供的情报，联军指挥部基本可以确定十八芝的主力已经撤离了澎湖，乘船北上前往琉球的某处岛屿。而目前仍然滞留在澎湖列岛上的十八芝人员，至少还有四五千人之多。不过剩下这些人里面已经没有多少穷凶极恶之徒，在缺乏组织的情况下也难以再有什么的像样的抵抗出现了。
5月2日凌晨，石迪文和罗杰各自率领舰队驶离了马公港，他们的任务是向北追击十八芝的船队，确保他们不会再半路杀个回马枪。但因为已经过去了一夜时间，十八芝的船队至少已经逃出去五六十海里远，饶是海汉舰队的航速较快，想要在短时间内追上十八芝的船队也不太现实了。因此王汤姆给他们下达的任务并不是死追不放，而是划定了一段距离，到了这个距离就选择折返回来，不以杀伤敌人为目标。而明军水师则是负责清剿澎湖列岛中的周边小岛，联军指挥部认为这种低烈度的作战任务也正好适合他们的战斗力水平。
船队出发之后，陆军协同明军也开始向东进发，对澎湖岛进行清理。十八芝的主要据点就离马公港仅仅数里之遥，数百名顽固分子占据了这个由荷兰人在其占领时期修筑的小型城堡，并且试图通过使用土炮鸟铳等武器来负隅顽抗。不过在海汉陆军拖出四门12磅炮把城堡大门轰了
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