本占领时的行政区域打破，重新对这些岛屿进行了行政划分。靠近台湾岛的宫古列岛划入台湾省管辖，中间的冲绳群岛则归福建省管辖，而距离日本比较近的吐噶喇列岛、奄美群岛和大东诸岛，则全部划入浙江省。
按照行政院的说法，这样划，可以使浙江、福建、台湾，与琉球群岛之间便可形成有效战略防护空间，有利于东海领海权益和海上秩序。
基于这一的行政划分，琉球群岛就被三个省分别管辖，三个省在四五年十月就向所管辖岛屿派出了自己的行政官员。
做过政府官员干过行政的人都知道，同样一道中央的命令，下发到不同的地方以后，这些地方官员都有自己的一套解释和行使使权。中央同样的一道命令，到了地方以后就会衍生出不同的版本，这种情况自古以来就有，那个朝代也不会例外。
也就是说，国民政府对于琉球群岛的管理办法，经过福建、浙江、台湾这些省政府手里转一圈后，出现了三个不同内容和形式的管理办法。
琉球群岛上出现三种不同的管理方法并不打紧，只要这些官员按章办事就好，可惜啊，现在这个时候的国民党地方官员，基本上都是贪官污吏，大官大贪，小官小贪，跟H世一样
琉球群岛的新归百姓，就在这种大小贪官的管理下，开始了他们所谓的新生。开始是倒还看不出什么，可时间一长，矛盾就出现了，最先闹起来的是宫古列岛与冲绳群岛的交界地带。
台湾省派来的官员，一心想着快速敛财，盯上了宫古列岛盛产的珊瑚和渔产，当即出台规定，凡出海捕鱼、开采珊瑚者，需缴纳高额“资源管理费”，哪怕是世代以捕鱼为生的琉球渔民，也不能例外。
官员们勾结当地混子，设立关卡，凡是没交够钱的渔民，渔获被没收不说，还要被冠以“私闯资源禁地”的罪名扣押，不交罚金就不得释放。
而隔壁归福建省管辖的冲绳群岛，官员们的贪腐路子则截然不同。他们不盯渔产，反倒盯上了琉球群岛遗留的日本殖民时期的厂房和物资，谎称这些都是“敌产”，可随意处置，实则私下低价卖给商人，中饱私囊。
更有甚者，将原本分配给琉球百姓的粮食、衣物，偷偷运到黑市倒卖，导致冲绳群岛的百姓吃不饱、穿不暖，原本盼着“新生”的日子，反倒比日本占领时期还要艰难。
最偏远的吐噶喇列岛、奄
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