现在最重要的是开先例，确定武进士能担任护军都尉的规矩，所以他下令道：
“赵率教和马世龙是大将，等孙承宗就任后任命，职位以后再议。”
“孙祖寿起复为山海护军都尉，直接辅佐辽东护军使毕自肃，和长城护军使王之臣协调长城防御。”
“孙元化、茅元仪以前多有立功，特赐元士出身，担任宁远、锦州护军都尉。”
任命了三人之后，朱由检又补充道：
“这些职位现在只是大概议定，先把人都起复，等孙承宗就任后确定。”
“以后辽东兵马分为几部、设置几个总兵，就设置几个护军都尉。”
“护军都尉下面的护军校尉等职，袁卿和孙督师议定，从武进士、文荫武职、太学生中挑选。”
这样三个护军都尉就用了一个武进士、两个特赐元士出身。群臣都觉得可以接受，皇帝没有非武进士不用。护军都尉和护军校尉从武进士、文荫武职、太学生中挑选的惯例，算是确定下来。
然后是辽东督师的副手辽东提督，这是从“巡抚辽东地方赞理军务”中分出的军务职位，理论上也是和巡抚相当。
不过朱由检没有让群臣廷推，而是道：
“辽东提督一职，让孙承宗从大将中挑选。”
“以前他是用总兵挂平辽将军印负责辽东军务，但是平辽总兵一职，又有滥设趋势。”
“今后就确定辽东提督一员，是辽东督师副手，可以节制总兵。”
“谁担任这个职位，让孙承宗推荐。”
辽东提督在皇帝设置中是辽东第二号人物，也是前线战事的直接负责人。这么重要的职位都让孙承宗推荐，可谓莫大信任。皇帝为统一权责，可谓煞费苦心。
袁可立心中却捏了一把汗，知道皇帝既然付出了这么大的信任，孙承宗若是干不好，以后就很难安然致仕。他只能期望这个老友，能够承担重任。
不过他的担心有点多余，朱由检对孙承宗最大的期望，就是把辽东上下梳理一遍。至于收复辽东等等，完全不抱期望。
毕竟文臣领兵，在朱由检看来也就那么回事。能达到曾国藩、朱燮元的水平就不错，不能期望有诸葛亮、王阳明那样的人才。
“结硬寨，打呆仗”也是战术，能做好这一点就算合格。岳飞都说过“阵而后战，兵法之常”，更高的“运用之妙，存乎一心”，还是不做要求了。
所以朱由检给孙承宗的任务，就是守好山海
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