甚至有很多辽东本土将领，不知是兔死狐悲还是什么原因，同样为祖大寿辩解。
这让孙承宗承担了很大压力，更坚定了迁移辽东将门的心思——
不把这些人迁走，他们在军中的影响力会越来越大，影响朝廷掌控。
现在这些人的影响力还不够，正好适合迁移。等他们影响力大了，那就更麻烦了。
甚至，孙承宗心中还庆幸，皇帝早早发现了这个问题，没有让辽东将门的事情，变得不可收拾：
『再过几年，祖大寿等人升任总兵，事情就不好办了——』
『即使我有尚方剑，也不能随意处置。』
尚方剑的职权是总兵以下不用命者军法从事。
总兵这一级的将领，在没有朝廷命令时，孙承宗是不能随意处置的。
副总兵距离总兵虽然只差一级，却可以用尚方剑处置。
所以孙承宗把祖大寿革职时毫不犹豫，祖大寿也不敢反抗——
真敢对抗的话，孙承宗就可以请出尚方剑，当场把他斩杀。
所以祖大寿只能束手，接受锦衣卫审问。
如果祖大寿升任总兵，那就不一样了。尚方剑无权处置总兵，孙承宗必须把有关他的事情上报给朝廷，由朝廷决定如何处置。那样就会有很多变数，孙承宗在面对祖大寿时会有重重顾忌。
可以说，现在这个时候，就是祖家蜕变的临界点——
一旦祖大寿按功劳升任总兵官，收拾祖家的难度，就会完全不同。
不过朱由检登极后，因为对祖大寿一直怀着疑虑，祖大寿晋升总兵的命令，自然被他被压下。
作为副总兵的祖大寿，可以被孙承宗直接拿下。然后以祖大寿为突破口，从容收拾祖家。
在拿下祖大寿后，孙承宗明显察觉到，辽东本土将士有些军心浮动。所以他很快把自己带来的欠饷，向将士发放下去。
这个行为，很快收伏了他们的心。祖大寿被捕的风波，慢慢平息下来。
至此，孙承宗终于松了一口气，又让张道浚施展手段，逼迫祖大寿同意迁移的事情。向他许诺只要答应迁徙，通虏的事情就不会被追究，会交给朝廷处置。
此时，祖大寿已经回过味来，知道自己是撞在了朝廷整顿辽东将门的枪口上，所以才被追究通虏之事。其中目的，无外乎是逼祖家迁居关内，不再留在宁远。
如此一来，祖家在宁远的影响力，自然会慢慢消退。他这个副总兵以后即使留在辽东，也只是普通
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