建立枢密院后五军都督府如何安排，一直是让朱由检头疼的大事。
这个机构虽然已经腐朽、权力也早就被文官夺取，但是它的存在本身，就是对文官的制衡。
更别说京城的勋贵，大多在里面任职。
朱由检为了不让勋贵离心，就要慎重对待。
之前成立枢密院时，张维贤等人就多方活动，争取能够保住五军都督府。
朱由检出于安置有功将领的考虑，保留了这个机构，以便把满桂等立下大功的边军将领，方便调到朝廷任职。
同时，因为五军都督府里多有勋贵任职，发出的声音比较大。他打算让五军都督府作为世官和军官的俱乐部，代武将发出声音。
这个任务应该说完成得还可以，一些卫所出身的士子成立的《卫报》，如今就得到了五军都督府的支持。
大明的军事类报刊中，此报当属第一。在所有报纸中也仅在四大报之后，有“第五大报”的称谓——
当然，所谓的“第五大报”有几个，那就不需要细说了。
如今《卫报》在勋贵和武官的支持下，雄心勃勃地想成为四大报之一。
他们打算学习《明报》，用上市筹集资金。
这种现象，是朱由检乐于见到的，所以他打算加强五军都督府，让他们拥有一点实际权力。
不过文官对此，那就不愿意见到了。
因为皇帝不仅要让五军都督府领兵，还透露出让他们执掌都司卫所之意。
否则五军营的士兵从哪里来？各地卫所谁愿意把精兵调过来？
兵部左侍郎秦士文道：
“陛下，兵役动员事务，属于兵部的兵役司。”
“从地方征调士兵，应该由兵部负责。”
右侍郎熊明遇也说道：
“城外顺天府各地的兵役动员事务，已经划归兵备道和守备区的护军负责。”
“沿海各地的海防区，也在设立护军。”
“陛下让五军都督府从各地征调士兵赴京，难道要废除此制，重新回归旧制让五军都督府掌管都司卫所？”
五军都督府的勋贵倒是这样想过，但是被文官磋磨了几百年的他们，实在没勇气说出这番话。
否则之前在把卫所军政事务分给护军时，他们就会反对了。
如今木已成舟，他们更争夺不回来。
朱由检扫了这些勋贵一眼，就知道他们根本不可能扶起来。
对他来说目前最重要的是推行军制改革，而不是帮勋贵和武将争夺权力。
所以他明确道：
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