遇难的中国百姓尸体，在校园绿地里挖了一个大坑掩埋起来，将几十具鬼子的零碎尸体，都丢进了公厕的化粪池里，并把所有能够住人的房屋都清理出来。但是，最重要的是需要水源，战士们带的水已经不多了，一百来号人的吃水问题急需解决。在被解救的妇女带领下，找到了唯一的一口水井，可是井里却飘着两具女尸，可能是不甘受辱而投井自尽的妇女。
尸体打捞出来后，为了生存还得喝这口井的水，好在我军的装备中，有滤水器和净水药片。战士们用水桶将污水打上来，将净水药片I投入水中搅拌，净水药片I的主要成分是硫酸铝，使污水中的污物凝集沉淀。10分钟后，将上清液倒出，投入净水药片II，主要成分是氯，杀菌除异味。然后，再经滤水器过滤，经过活性炭层吸附和树脂离子交换，使之达到了优质的饮用水标准。
一切安排就绪后，在大门口放上了哨兵，使日军其他部队不再打这里的主意。派出了6个侦查组，在驻地附近活动，注意敌人的动态。通过先进的无线通讯设备，向基地刘剑锋司令员报告了我军状况，同时，将日军暴行的照片传回基地。苑永贤副司令召集排长和情报官开会，摊开南京市地图，研究和布置下一步的行动。
经过讨论和分析，认为敌人目前被胜利冲昏头脑，防范比较疏松，南京城内日军的部队建制混乱，忙于杀人、抢劫，我军完全可以混水摸鱼。苑永贤决定将指挥中心设在这里，将部队分成4个行动组，分布在南京城内，各组之间互通信息，相互支援。主要任务是：一是以各种方式屠杀日军及日侨。所谓的日侨，除了跟随日军在占领区内，掠夺中国财富和资源的株式会社，还有不少黑龙会的准军事人员，只要是非法进入中国领土的倭国野兽，均不受动物法的保护，都在必须猎杀动物种类范围之内。
二是尽最大努力解救将被屠杀的中国人，并将被解救人员护送到安全地区，并设法将被解救的同胞送离南京。
三是将解救的原国民党军和警察被俘人员组织起来，并按照军兵种分别进行管理，一些特殊兵种的技术骨干要严密地保护，争取将队伍拉到苏北就地抗日。
四是将日军掠夺的我国文物夺回来，暂时妥善地埋藏起来，待日后运往解放区。
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