塔里木河沿岸大多数植物的种子提供了必需的发芽条件：光板地、充足的光照、潮湿的土壤，以及极低的含盐量。
在夏秋季节逐渐成熟的种子非常细小，可以随风飘荡或随水漂流，并最终被河水带到河岸上。最佳的发芽时间是9月，10月，那时洪水已退，幼苗就不会被抬升的河水淹没。通常成排站立的幼苗就标志着种子被漂到河岸时的水位线。
为了从更深的土壤中获得水分，幼苗的根部生长速度要比地上部分快，到11月份，根部已经有20-25厘米长了，而地上部分只有5厘米高。由于秋季的温度及太阳辐射都低于夏季，土壤只是表层变干了，20-25厘米长的根系已足以获得水分。11月份之后，河流结冰，土壤中的水分也冻结，一直到来年春季都不会蒸发掉。
春季土壤迅速变干，河岸边的地下水位下降到3米左右，胡杨幼苗的根部在这个春季和夏季（也就是夏季洪水到来之前）能长到1.2米。在这段时问里，幼苗靠沙地里的粘土层生存，因为粘土储水的能力强于沙子。正是河流动力造成了沙地中内含粘土层的这种河岸土壤结构。柽柳的种子利用土壤水分的能力更强，因此幼苗分布的范围比胡杨还要大。
如果没有洪水来抬升地下水的水位，胡杨幼苗仍然无法活过整个夏季，如果来年夏季洪水开始的太晚或者水量太少，幼苗也无法存活。因此，仅仅有一次合适的洪水是不够的，接下来的两三年内还必须每年都要有合适的洪水才能保证小胡杨的萌芽和生长。
追踪株成年的胡杨或柽柳的生活史我们会发现一旦存活下来，它们就会长出水平根，并由此长出“根出条”。通过这些根出条，胡杨和柽柳在没有洪水的情况下也能再繁殖，但来自同一株母树的根出条的基因完全相同，属于无性繁殖。如果想维持塔里木河沿岸植物的基因多样性，就必须有洪水以及河流动力来让种子发芽，让幼苗成活。
110年前斯文??赫定在塔里木河上漂流的时候，他所穿越的是一片真正的荒野，仅有的居民是几个牧民和渔夫。我们今天所说的塔河只能算是斯文??赫定那个年代的塔河的支流之一。1949年之后，先前的塔河河道上游被引流去灌溉阿拉尔周围的兵团农场，从此塔河水便流入了现在的河床。
1950年前
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