后，塔河沿岸还有50万公顷河岸林，到了1978年，其中三分之二已经被毁。大多数被毁的河岸林都在塔河的上游和下游，也就是阿拉尔周围和尉犁县内，以及尉犁到铁干里克乡之间的兵团范围内，河岸林里土壤非常肥沃，被视为开垦的最佳地点，而且树木被砍伐之后还可以用作建材和燃料。因此，从20世纪50年代开始，河岸林就困土地开垦大量被毁。土地开垦得越多，从塔里木河取水灌溉的需求就越大，结果塔里木河下游变得干涸，那里的河岸林也大多死去。
塔里木河中段的河岸林相对来说还比较完好，因此1983年在那里成立了塔里木河胡杨林自然保护区，从那以后胡杨林的砍伐受到越来越严格的控制。尽管到目前为止保护区内还有11万多亩耕地，那里仍然算得上是近乎天然状态的完好的河岸林，芦苇荡和柽柳沙地。这些分布着芦苇荡和柽柳丛的天然胡杨林，以及河流位移和植被繁殖的自然过程，在当今世界上是绝无仅有的。
因此，从生态系统保护的角度来看，也就是说不仅要保护珍贵物种，同时还要保护整个生态系统及自然过程，塔里木胡杨林保护区为我们提供了难得的机会去保护天然胡杨林以及洪水和河流动力的自然过程。
为了保护塔里木河沿岸的天然河岸植被，必须维持足够高的地下水位，这样植物才能吸取到地下水，满足它们对水的需求；必须有足够的洪水及河流动力。这是基因繁殖的先决条件，这样才能保护天然生态系统的基因多样性。
维持地下水位在塔河上游和中游是可以做到的，尽管塔里木河2004年几乎干涸，但夏季洪水还是补充了地下水。然而，沿塔里木河中游及上游修建的防洪堤坝却起到了相反的作用。堤坝会切断大多数支流的水源供应，腹地的地下水位因此下降，塔里木河下游沿岸的天然生态系统也因此退化。
种子发芽和幼苗成活取决于洪水与河流动力，很难得到满足。幼苗很难成活，尤其是胡杨的幼苗，虽然一次洪水就可以使种子发芽，但往往第二年的洪水不是太小就是太晚，幼苗失去了成长条件。
在塔里木河中游地区，自然生态系统的保护是可持续发展的组成部分。这意味着这个区域的利用方式不应造成生态系统功能退化，让后代也有机会使用这个地区，享受生
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