整体意志。在士人中声望很高、有可能整合文官集团的东林党，自然被他防备。
对东林党人朱由检只打算单个起复，让他们威胁被留用的阉党，却又无法掌控朝堂。
所以朱由检打算起复的是能做事的东林党人，对于积极参与党争的东林党干将，还有那些东林党核心人员，他是不打算起复的。
怀着这个想法，朱由检首先排除了很多东林党人推荐的孙慎行。因为这个人是红丸案的发起者，如今被谪戍宁夏边卫。
朱由检虽然打算为移宫案翻案，但是对红丸案和梃击案，还没有决定如何处理。在红丸案被重新定性前，这样的人不适合起复。
以孙慎行正在被问罪为由，朱由检没有起复他。但是为了显示自己宽宏，朱由检赦免了孙慎行的遣戍，让他回京待审。
然后是王图，这个人和叶向高一样，已经在家中过世了。只是消息还没有传到朝廷，很多官员不知。
已经去世的人，如何能够被起复？所以这个人的名字，同样也被划掉。
接连听到两位东林党大臣去世，这让朱由检感慨，东林党的核心真的快死完了。这个声名赫赫的党派，远没有以前的声威。
作为万历天启年间党争的主力，东林党在后世一些人看来不是党派，甚至提出了“东林非党论”，认为它没有严密的组织体系，称不上现代政党。
但在朱由检看来，东林党别管是不是后世定义的政党，它都明显是党派，不但有相对统一的政治理念，还有排斥异己的政治行为。这个党派的口号非常光明正大，吸引了不少士人加入。在党同伐异方面做过的事情也不少，完全是一个政治集团，有光明也有黑暗。
甚至，在在认真分析东林党后，朱由检发现它的理念和组织非常接近后世的政党。这是一个介于朋党和政党之间，转型中的党派。
当前东林党的人员，大多是那些志同道合的东林党骨干，通过私人关系联系起来的。和传统朋党非常相似，却通过共同的理念，超越了地域观念。
所以东林党要比传统朋党强得多，它用共同理念超越地域观念，联合了更多的人。把以地域划分的齐党、楚党、浙党打得溃不成军，逼得一部分人依附魏忠贤，组成同样超越地域的阉党，用不讲规矩的非正常手段，把东林党打倒。
在这个党争过程中，东林党损失惨重。北直隶的赵南星、孙承宗，南直隶的高攀
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